Традиционно считается, что в России нет такой угрозы свободному программному обеспечению, как патенты. Хотя вопрос спорный, например недавно ЗАО "Лаборатория Касперского" получило патент номер 2363045, касающийся именно программного обеспечения. И ситуация может ухудшиться - в России создана организация, на первый взгляд призванная лоббировать интересы IT-отрасли, но сразу настораживает то, что во главе её (в источнике должность названа "модератор") стоит основатель Фонда патентования алгоритмов и программ. Можно предположить, что теперь идеи патентования программного обеспечения в России будут защищаться активнее, что в итоге может привести к невозможности использования и развития свободного программного обеспечения, в частности Linux, у нас в стране.

Одной из проблем, угрожающих Linux и свободному программному обеспечению вообще, является патентование в области программного обеспечения. Хотя существование патентной системы обосновывается необходимостью защиты инвестиций в инновации, она имеет так же сильный негативный побочный эффект в виде подавления конкуренции (которая, как известно, является двигателем прогресса). Крупные компании часто владеют патентами, необходимыми для работы друг друга, то есть никто из них не может воспрепятствовать работе другого чтобы не получить адекватный ответ, поэтому для них решением является взаимное лицензирование, однако для новой компании, не обладающей весомым патентным портфелем, выход на их рынок может оказаться излишне сложной задачей. В результате конкуренция на рынке оказывается недостаточной, от чего страдают потребители. Причём многие патенты покрывают достаточно очевидные вещи (в качестве примера можно вспомнить запатентованный Microsoft двойной клик.