Одной из проблем, угрожающих Linux и свободному программному обеспечению вообще, является патентование в области программного обеспечения. Хотя существование патентной системы обосновывается необходимостью защиты инвестиций в инновации, она имеет так же сильный негативный побочный эффект в виде подавления конкуренции (которая, как известно, является двигателем прогресса). Крупные компании часто владеют патентами, необходимыми для работы друг друга, то есть никто из них не может воспрепятствовать работе другого чтобы не получить адекватный ответ, поэтому для них решением является взаимное лицензирование, однако для новой компании, не обладающей весомым патентным портфелем, выход на их рынок может оказаться излишне сложной задачей. В результате конкуренция на рынке оказывается недостаточной, от чего страдают потребители. Причём многие патенты покрывают достаточно очевидные вещи (в качестве примера можно вспомнить запатентованный Microsoft двойной клик. Ещё одной проблемой являются компании, владеющие патентами, имеющими ключевое значение для того или иного направления, и мешающие работе нормальных производителей судебными исками, при этом сами ничего не производящие (то есть ответный патентный иск чтобы вынудить к кросслицензированию против них невозможен), иногда их называют "патентными троллями". При этом, даже если есть формальные основания для отмены патента, судебные разбирательства в этой области длятся долго и стоят дорого, то есть для небольшой компании единственным выходом может оказаться покупка лицензии на спорный патент. Например, история с компанией E-Pass Technologies, владевшей в США патентом на устройство размером с кредитную карту для хранения банковских счетов, идентификационных кодов и иной персональной информации, и считавшей, что разработчики карманных компьютеров нарушают их патент, длилось c переменным результатом с 2000 года, когда претензии были предъявлены к компании 3COM до 2006 года, когда были отклонены иски к Microsoft и HP, а сумму расходов можно оценить исходя из того, что Microsoft предлагала в определённый момент выкупить патент за 10 миллионов долларов.

Таким образом, патентная система обладает как достоинствами, так и недостатками, и конкретный результат будет зависеть от области её применения. Например там, где разработка требует громадных вложений средств, конкуренция будет и так не слишком высока, и оплата работы юристов будет достаточно невелика по сравнению с общими затратами, недостатки патентной системы имеют второстепенное значение. Однако там, где может работать множество небольших компаний, а расходы на разработку не так уж и велики, её недостатки выходят на первый план. К таким областям относится и разработка программного обеспечения. Кроме того, здесь возникают и специфические проблемы, в первую очередь - вопрос совместимости. Например, для офисного пакета важно понимать документ в формате Microsoft Word - сейчас это фактический стандарт, и даже предложив намного лучший вариант продукт окажется невостребован если не может работать с существующими документами. А патентная система позволяет мешать разработке совместимых программ. Ещё несколько примеров - история с форматом GIF - компания Unisys, владевшая патентом на использованный в нём алгоритм сжатия, требовала отчислений от разработчиков использовавших его программ, а владельцы сайтов, на которых использовались изображения в формате GIF, созданные при использовании программ, разработчики которых не имели лицензии Unisys, могли оказаться вынуждены заплатить 5000 долларов. При этом тогда формат GIF уже был морально устаревшим, и необходимость его поддержки основывалась в первую очередь задачами совместимости. Похожая история произошла и с форматом JPEG - неожиданно обнаружился держатель патента на использованный в нём алгоритм. А в начале этого года Microsoft предъявила претензии к компании TomTom, занимающейся разработкой навигационного оборудования, одна из претензий касалась использования запатентованного Microsoft формата FAT - который является морально устаревшим, но используется в целях совместимости. Причём претензии касались Linux, используемого компанией TomTom на своих устройствах! Это видимо первый пример открытой патентной атаки Microsoft на Linux.

В России ситуация с патентованием в области программного обеспечения достаточно неопределённая. С одной стороны, многие считают, что патентование в этой области у нас незаконно. С другой стороны, патенты в этой области выдаются, как зарубежным, так и российским компаниям, можно например вспомнить патент номер 2363045, принадлежащий ЗАО "Лаборатория Касперского" и описывающий методику лечения компьютера от вредоносных программ, активно препятствующих лечению (например присутствующих в памяти в нескольких экземплярах, и повторно инфицирующих уже вылеченные программы). Суть этого метода в том, чтобы блокировать на время лечения действия, необходимые для заражения (запись на диск, запуск новых процессов и т.д.). Но разве это не очевидная идея? Это хороший пример того, в чём суть патентов в области программного обеспечения - скорее патентование задачи, а не решения - ведь сложность не в том, чтобы догадаться препятствовать активности вирусов, сложность в написании необходимого для этого кода, придумать защищённую данным патентом идею может человек, немного разбирающийся в компьютерах, реализовать сможет далеко не каждый программист. Но теперь перед теми, кто на это способен, и кто решит создавать конкурирующий с "Касперским" продукт, встанет препятствие в виде данного патента. Что это, защита инвестиций в инновации или всё-таки законная борьба с конкуренцией, от которой в итоге пострадают потребители?